与此同时，烧讨了比叡山延历寺的浅井·一向一揆联军并没有趁着上杉军主力皆在摄津、纪伊两国之时进而攻入山城境内，反而在坂本、坚田等地踌躇不前。
因为，参与烧讨比睿山延历寺的浅井长政、横田孙九郎、栗津右近、松尾左近等主谋之人尽数被朝廷扣上了朝敌的帽子，其中对延历寺烧讨最为活跃的一向宗江北十寺尽数被朝廷以应胤法亲王的名义指认为‘佛敌’。
之所以应胤法亲王无法亲自来指认一向宗的江北十寺为佛敌，是因为他在遭受如此惊吓，并逃入京都之后就一病不起。
正亲町天皇只好一边安排御医去为应胤法亲王诊治，一边让自己的亲弟弟觉恕来继任天台宗座主。
当然，在浅井·一向一揆联军烧完比睿山延历寺后，正亲町天皇立即发出了扶桑史上最为强烈的抗议。在《御汤殿上日记》（类似于天朝皇帝的起居注，由皇室御所中的女官来记录)中就声称：“居然发生此等之事，天下之人得闻而笑止，特以笔墨声讨之”。同时，他还特意降下纶旨，要求上杉将军家尽快将迫近山城的浅井·一向一揆联军击退，并完成“护卫佛法”、“再兴山门”的重任。
不仅如此，朝廷中大大小小的公卿更是群起攻之。
权大纳言山科言继就在自己日记（《言继卿记》）里称浅井·一向一揆联军火烧比睿山延历寺是“佛法破灭”、“王道凌迟”的表现，还对浅井·一向一揆联军杀害僧人、平民的行为大加鞭答，将浅井·一向一揆联军杀戮的人数翻了几番不止，足有“七八千之多”。
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